Tlikoit zarın içinde bulunan; ışığı emen pigmentler, proteinler, ilk elektron alıcısı ve diğer moleküller fotosistem adı verilen birimler halinde düzenlenmiştir. Fotosistem ışığın emildiği ve elektronların hareketleriyle enerji transferi yapılan birimdir.

Her fotosistemde anten kompleksi ve tepkime merkezi bulunur.
  • Anten kompleksi çok sayıda klorofil ve karotenoit pigmentleri bulunur. Anten kompleksindeki pigmentler ışığı toplayıp tepkime merkezine iletirler.
  • Tepkime merkezinde ise klorofil a ve ilk elektron alıcısı bulunur.
Fotosentezin ışığa bağımlı tepkimelerinde kullanılan iki fotosistem çeşidi vardır. Bunlar fotosistem-1 ve fotosistem-2’dir. İkisi arasındaki temel fark; soğurdukları ışıkların dalga boylarının farklı olmasıdır. Fotosistem-1 700nm dalga boylarındaki ışığı en iyi soğururken fotosistem-2 680nm dalga boyundaki ışığı en iyi soğurur.

Fotosisteme ışık düştüğünde ışığın enerjisi tepkime merkezine ulaşıncaya kadar anten kompleksinde bulunan pigmentlerde gezer. Tepkime merkezine ulaştığında klorofilden bir elektron koparılır ve bu elektron ilk elektron alıcısı adında özel bir molekülle tutulur.