William Howard Stein (d. 25 Haziran 1911 - ö. 2 Şubat 1980) ABD'li biyokimyacı.
1958'de Stanford Moore ile birlikte, ilk otomatik aminoasit analizörünü geliştirmiştir, bu makine protein dizilerinin belirlenmesini kolaylaştırmıştır.
1972 yılında, Christian Boehmer Anfinsen ve Stanford Moore ile birlikte, ribonükleaz molekülünün kimyasal yapısı ve katalitik aktivitesi arasındaki bağı anlamamıza katkıları ve ribonükleazlar üzerine çalışmaları için Nobel Kimya Ödülü'nü kazanmıştır.