İsmail Köybaşı, futbola İskenderun Kartalspor'da başladı 2 yıl sonrada Gaziantepspor alt yapısına amatör transferi gerçekleşti. 2006-07 sezonunda Gaziantepspor PAF'ta forma giymeye başladı. Sonraki sezon da PAF takımda devam etti. Sol bek olarak görev yapan genç isim 2007-2008 sezonunun son maçında profesyonel yapılarak İstanbul Büyükşehir Belediyespor maçında ilk 11 başlayıp profesyonel hayatına ilk adımını attı. 2008-2009 sezonunda Turkcell Süper Lig'de Gaziantepspor formasıyla oynadığı 24 maç sonrasında 3 büyüklerin transfer listesi'ne girmekle kalmamış Porto takımı tarafından da izlenmiştir.[1]
İsmail 26 Haziran 2009 tarihinde Beşiktaş'a transfer oldu.[2] İlk sezonunda 16 maçta forma giydi, bunların 13'ü ilk 11'de oldu. Beşiktaş'ın Ankaragücü'ni 1-0 yendiği maçta maçı kazandıran golü attı.Şu an Bjk'da 3 numaralı formayı giymektedir.İspanya'nın ünlü spor gazetesi MARCA tarafından 2011 yılının gelecek vadeden 11 futbolcu arasın da gösterilmiştir.