Bakterilerin en fazla tanınanları kuşkusuz hastalık etkeni olanlardır. Bakterilerin hastalıklara neden olabileceği düşüncesi 19. yüzyılın sonlarında oluşmuştur. İlk başlarda önemsenmeyen bu düşünce daha sonraları yapılan araştırmalarla önem kazanmıştır. Tifüs, verem, tifo gibi hastalıklara bakterilerin neden olduğu anlaşılmıştır. Bakteriler, çeşitli şekillerde hastalık belirtilerine neden olabilirler. Bazı durumlarda aşırı derecede sayıları artan bakteriler konak dokusunda mekanik bir baskı oluştururlar. Bakteriler bazı durumlarda da, doku ve hücreleri aktif olarak tahrip ederler. Bazı bakterilerinde toksin adı verilen zehirler oluştururlar.