Bulaşıcı hastalıkla karşılaşmış olabilecek insan ya da başka canlıların, hastalık etkenini taşımadıkları kesinleşene kadar belli bir yerde alıkonulmasıdır.

Günümüzde bulaşıcı hastalıklar üzerine hayli fazla bilgi olması karantina uygulamasının değiştirilmesine yol açmıştır. Karantina en dolaysız biçimiyle, kuduz denetiminde olduğu gibi hayvanlara uygulanmaktadır. İnsan hastalıklarının denetiminde hastanın karşılaştığı sağlıklı bireyler gözetim altında tutulur. Hastalığın gidişi günlük doktor raporlarıyla saptanır. Bazı durumlarda farklı karantina uygulamaları önerilir. Önceleri kızamıklı bireylerle karşılaşan çocukların evde tutulup okula gönderilmemesi önerilirken günümüzde kızamık aşısının yaygın olarak kullanılması bu uygulamanın kalkmasını sağlamıştır. Bitkilere ve bitki ürünlerine karantina uygulamasıysa uluslar arası antlaşmalarla belirlenen kurallara göre yapılmaktadır.