Kromozom yapısındaki değişim, kromozomlardan parça kopması, eklenmesi ya da bir parçanın kopup 180 derece ters dönerek aynı yere bağlanmasıyla ortaya çıkar. Bu tip mutasyonlar kromozomlarda genetik bilginin değişmesine, anormal karakterlerin ortaya çıkmasına neden olur. Bazı değişiklikler canlının ölümüyle sonuçlanabilir.

Delesyon (eksilme), duplikasyon (parça eklenmesi), translokasyon (karşılıklı parça değişimi), inversiyon (180 derece dönmesi) en çok görülen kromozom yapısındaki değişikliklerdir.