Sınıflandırma ampirik (yapay) ve filogenetik (doğal) sınıflandırma olmak üzere ikiye ayrılır.

1) Amipirik (yapay) sınıflandırma
Aristo’nun yaptığı gibi canlıların, yalnızca duyu organları kullanılarak yani dış görünüşlerine ve yaşadığı çevreye bakılarak yapılan sınıflandırmadır. Ampirik sınıflandırma yapılırken analog organlar esas alınmıştır.

Analog Organ: Kökenleri farklı, görevleri aynı olan organlardır. Örn: Sineğin kanadı ile yarasanın kanadı. İkisi de uçmaya yaradığı halde kökenleri farklıdır.

2) Filogenetik (doğal) sınıflandırma
Bu sınıflandırma canlıların köken benzerliğini yani akrabalık ilişkilerine bakılarak yapılır. Doğal (Filogenetik) sınıflandırmada canlıların homolog organları dikkate alınır. Homolog organlar kökenleri aynı fakat görevleri farklı olan organlardır. Örneğin balinanın yüzgeci ile insanın kolu.

Doğal sınıflandırmada aşağıdakiler gibi temel özellikler dikkate alınır:
  • Hücre tipi ve sayısı (Ökaryot – Prokaryot) (Hücresel organizasyon)
  • Embriyo tabakalarının sayısı (Endoderm – Mezoderm – Ektoderm)
  • Embriyonik örtülerin bulunuşu (Vitellus – Koryon – Amniyon – Allontois)
  • Vücut boşluğu tipleri (Gastrovasküler – Sölom)
  • Vücutta segmentlerin bulunuşu (Benzer parça)
  • İskeletin bulunuşu (varsa kıkırdak veya kemik)
  • Azotlu boşaltım maddelerinin benzerliği (NH3 – Üre – Ürik Asit)
  • Sistemlerin varlığı (Sindirim, solunum, dolaşım)