Endomikoriza, ektomikorizanın aksine kökü dıştan kuşatan bir mantoya sahip değildir. Bunun yerine hif, daha az yoğun gelişerek hem kökün içinde hem de kökü çevreleyen toprağa doğru yönelir. Kökten toprağa uzanan dışsal hifler, kökten birkaç santimetre uzaklaşacak şekilde yayılır. Dışsal hif özellikle fosfor emilimini artırır, Aynı zamanda mantar hifleri, kök hücreleri arasındaki boşluklarda gelişir ve kök hücre çeperlerini sindirerek içeriye doğru uzanır. Ancak bu hifler hücre zarını parçalayıp, hücrenin sitoplazmasına girmezler.



Endomikoriza hifleri, kök hücresinin çeperi ve zarı arasındaki boşluklarda arbüsküller adı verilen çok fazla dallanmış bir yapı ve veziküller adı verilen oval yapılar oluştururlar. Arbüsküller geliştikçe hücre zarı da içe doğru girinti yaparak genişler. Hücre zarının parçalanmadan içe doğru girinti yapması tıpkı bir parmağın, hafifçe bir balonun içine sokulmasına benzer. Sonuçta, kök hücrelerinin plazma zarı arbüskülleri çevreledikçe, hızlı ve etkin madde değişimi için geniş yüzey alanı oluşturmuş olur. Böylece mineraller mantar hiflerinden kök hücrelerine, organik besinler ise kök hücrelerinden hiflere doğru hızla ve daha etkin bir şekilde hareket eder.



Endomikoriza oluşturan mantarlar, bitki türlerinin %90'ından daha fazlasında bulunur. Elma, şeftali gibi ağaçlar ile domates, çimen ve baklagiller gibi otsu bitkiler örnek olarak verilebilir.