Cafer Ağa, (ö. 1521, İstanbul) Osmanlı denizcisi. I. Selim döneminde ve Kanuni Sultan Süleyman saltanat başlangıcında 1516 ve 1520 yılları arasında dört yıl Kaptan-ı Derya'lık yapmıştır.

Devşirme olduğu ve eğitimini Enderûn'da yaptığı sanılmaktadır.

Kanuni Sultan Süleyman 1520'de tahta çıktığı zaman halka zulüm ettiği sebebiyle yapılan şikâyetler üzerine görevinden azledildi. 1521'de idam edildi.

Muhteşem Yüzyıl dizisinde konuk oyuncu olarak İlker Aksum canlandırdı.