Osmanlı padişahlarının 15.’sidir. III. Mehmet’in oğlu ve I. Ahmet‘in kardeşidir. 1617’ye kadar, babadan, büyük oğula kalan Osmanlı saltanat usulü, Sultan Mustafa’ nın, ağabeysi I. Ahmet‘in yerine tahta geçmesi ile değişmiştir.

Saray entrikaları sonunda I. Ahmet‘in büyük oğlu ve veliahti Şehzade Osman (II. Osman) padişah olmamış, aceleye getirilip Sultan Mustafa tahta çıkarılmıştır. Şehzade Osman’ın sertliği ile Sultan Mustafa’nın yumuşak tabiati buna sebep olmuştur. Bu entrikada I. Ahmet‘in gözdesi Kösem Mahpeyker‘in birinci derecede rolü olduğu söylenebilir.

Tahta geçirildikten az sonra Sultan Mustafa’nın şuurunun bozuk olduğu anlaşıldı. Bir delinin padişah ve halife olması şer’an da, kanunen de mümkün değildi. Onun için 3 ay sonra tahttan indirildi. Yerine yeğeni olan, tahtın meşru sahibi Şehzade Osman padişah oldu. Ancak, 4 yıl sonra tarihte «Hâile-i Osmâniye» diye anılan faciada, saltanat II. Osman’ın elinden alınınca, Sultan Mustafa, anlaşılmaz bir şekilde, yeniden padişah oldu. Bu seferki hükümdarlığı 1 yıl sürdü (1622-1623). Bu suretle her iki saltanatının toplamı 1,5 yıl eder. Bundan sonra yeğeni IV. Murat devrinde Topkapı Sarayı‘ndaki dairesinde 16 yıl yaşayan Sultan Mustafa 48 yaşında öldü. Ayasofya’daki bir türbede gömülüdür.