Üretilen molibdenin üçte ikisinden fazlası alaşımlarda kullanılır. Bu alaşımlardan en önemlileri; yüksek mukavemetli alaşımlar ve yüksek sıcaklık çelikleridir. Hastelloy gibi bazı molibden içeren alaşımlar, ısı ve korozyon dayanımı yüksek alaşımlardır. Molibden, uçak ve füze parçalarının yapımında ve ayrıca filamanlarda kullanılır. Petrol endüstrisinde, petrol ürünlerinden organik sülfürün uzaklaştırılmasında, katalizörolarak kullanılır. Mo-99 nükleer izotop endüstrisinde kullanılır. Molibden sarısı olarak bilinen pigment, kırmızımsı sarıdan parlak kırmızıya değişik renkler vermekte olup boya, mürekkep, plastik ve kauçukbileşenlerinde kullanılır. Molibden sülfür (MoS[SUB]2[/SUB]) özellikle yüksek sıcaklıklarda iyi bir yağlayıcıdır. Molibden ayrıca, ince film transistörlerin iletken metal tabakaları gibi bazı elektronik uygulamalarda da kullanılır.
Saf metal halindeki molibden, tel, şerit, çubuk veya levha şekline getirilerek, dirençli ısıtma elemanlarının hazırlanmasında veya karbon ve oksijen etkisiyle bozulduğu için koruyucu bir atmosfer altında, ateşe dayanıklı fırın parçalarının yapımında kullanılır. Bu parçalar 1700 °C ye kadar çıkabilirler. Elektrik ve elektronik sanayiinde, filaman elektrot lamba yuvaları, valflar ve redresör lambaları yapımında tüketilir. Molibdenli özel çeliklerde ise bu metal, nikel, krom ve vanadyumun dışında mekanik özellikleri (çeliğin sertliğinin ve çekme direncinin artması, kırılganlığının azalması) arttırmak ve yapılacak ısıl işlemleri kolaylaştırmak için kullanılır. %3 Ni ve %0.7-1 Cr içeren çeliklere %0.3 oranında molibden katılması, su verildikten sonra 500 °C de menevişleme sırasında, bu çeliklerin kırılganlıklarını (Kropp hastalığı) azaltır. Molibden, bazı çeliklerde nikel, wolfram gibi pahalı veya ender bulunan elementlerin yerini alır. Hızlı takım çeliklerinde normal olarak %18 oranında bulunan wolfram yerine, tamamen veya kısmen, %7 oranında molibden kullanılır. Özel dökme demirlere mekanik direncin arttırılması ve bileşimdeki grafit parçacıklarının giderilmesi için genellikle %0.3 oranında (en çok %2) molibden katılır. Molibden, değişik niteliklerdeki birçok alaşımda da önemli oranlarda bulunur: gaz türbinlerinde kullanılan ateşe dayanıklı alaşımlarda (Hastelloy) %4 ile %30; manyetik geçirgenliği yüksek olan ferronikellerde %5 e kadar ve kalıcı mıknatıs yapımında kullanılan alaşımlarda %20 ye kadar. Molibden ayrıca, bisülfür halinde, 400-500 °C lere kadar katı yağlayıcı madde olarak ya da greslerde, yağlarda katkı maddesi olarak kullanılır.Ayrıca dental implant materyalleri içinde Co-Cr-Mo alaşımları olarak kullanılır.Co-Cr-Mo alaşımlarındaki (Mo)molibden dayanıklılık ve korozyon rezistansı sağlar.
Canlı hücrelerinde eser miktarda bulunan molibden, bitkiler için gerekli olan bir elementtir. Ayrıca baklagillerde bakterilerin azot bağlama sürecinde katalizör işlevi görür. Molibden trioksit ve sodyum molibdat (Na[SUB]2[/SUB]MoO[SUB]4[/SUB]) bitkilerin beslenmesinde eser miktarda kullanılır. Molibdenin biyolojik fonksiyonları genelde bakır metabolizması ile ilişkilidir. Bakır ile ilişkili olmayan fonkiyonlarının en önemlileri şunlardır; ksantin oksidaz, aldehid oksidaz ve sülfid oksidaz enzimlerinin yapısına ayrıca sitokrom C ile ksantin oksidaz reaksiyonuna ve aldehid oksidaz ile sitokrom C'nin indirgenme reaksiyonuna katıldığı kaydedilmektedir. Sülfit oksidaz da sülfitin sülfata dönüşümünü sağlamaktadır. Bunlardan başka; büyüme, hücresel solunum, pürin ve demir metabolizmasına da katıldığı belirtilmektedir. Genel olarak kullanım alanları şöyle özetlenebilir:
Çeliğin yüksek sıcaklıklarda dayanımını arttırmada,
Hava taşıtları ve uzay araçlarının yapımında,
Nükleer enerji uygulamalarında,
Elektrik uygulamalarındaki tellerin yapımında,
Yüksek sıcaklıklarda yağların yapısı bozulduğu için molibden sülfat kaydırıcı yağ olarak,
Katalizör olarak,
Boya endüstrisinde renk verici (pigment) olarak.