Hastalığa neden olan bakteriler patojenler olarak bilinir ve şekline göre üç temel gruba ayrılır: koküsler (yuvarlak şekilli), basiller (çubuk veya çomak şekilli) ve spiroketler veya spirilla (spiral şekilli) bakterilerdir.

Koküsler bakterilerin neden olduğu hastalıklar : Koküsler (yuvarlak şekilli) bakterilerin neden olduğu çok sayıda hastalık arasında pnömoni (zatürre), tonsilit (bademcik iltihabı), bakteriyel endokardit (kalbin iç tabakasının enflamasyonu), menenjit (beyni ve omuriliği çevreleyen zarların enflamasyonu) toksik şok sendromu ve çeşitli deri hastalıkları gibi hastalılara neden olur.

Basiller bakterilerin neden olduğu hastalıklar : Basiller (çubuk ya da çomak şekilli) bakterilerin neden olduğu hastalıklar arasında tüberküloz (verem) hastalığı, boğmaca (pertussis) hastalığı, tifo hastalığı, difteri hastalığı, tetanoz hastalığı, salmonelloz hastalığı, şigelloz (basilli dizanteri) hastalığı, lejyoner hastalığı ve botulizm hastalığı gibi hastalıklar yer alır.

Spiroketler bakterilerin neden olduğu hastalıklar : Üçüncü ve en küçük gruptaki bakteriler olan spiroketler, sifilis (frengi), verem dutu enfeksiyonu (frambezi), leptospiroz ve Lyme hastalığından sorumludur.