Baskın fenotipteki birey homozigot veya heterozigot genotipte olabilir. Bunu anlamak için yapılan işleme kontrol çaprazlaması denir. Kontrol çaprazlamasına baskın fenotipteki birey ve çekinik fenotipteki birey arasında çaprazlama yapılır. Aşağıdaki resimde kontrol çaprazlamasının bir örneğini görebilirsiniz.