2. jeolojik zamana ait mermerler içerisinde oluşan mağara, 2 bin 720 metre uzunluğunda. Dupnisa Mağarası'nın, yarasaların doğal yaşamlarını sürdürebilmesi için sadece 450 metrelik bölümü 2003 yılında turizme açıldı. Mağara, kuru, sulu ve kız mağarası olmak üzere 3 bölümden oluşuyor. Mağaranın gezilebilmesi için 270 merdiven kullanılıyor. Turistler, Dupnisa'nın sadece 'sulu' ve 'kuru' mağara bölümlerini ziyaret edebiliyor.

2003'de ziyarete açılan, Türkiye mağara literatüründe en bilinen mağaralar arasında yer alan Dupnisa mağaralarının içinde, sürekli akışa sahip yer altı nehri ve bu nehrin oluşturduğu, derinliği yer yer 2 metreye ulaşan göletler bulunuyor. Kuru ve sulu mağaralarda süt beyazdan kırmızı ve kahverenginin her tonunda renge sahip dev sarkıtlar, dikit ve sütunlar ile perde bayrak taşları ve damla taş havuzları yer alıyor. Kış başlarında yarasaların doğal yaşamlarını sürdürebilmesi için yurizme kapatılan mağara, yarasaların uyanmasıyla birlikte mayıs ayında turizme açılıyor. Mağarada 16 türden yaklaşık 33 bin yarasa yaşıyor.